1928(昭和3)年3月2日、京都生まれ。

日本画家であり、堂本印象の甥、父は堂本四郎。
京都市立美術工芸学校(現、京都市立芸術大学)絵画科へ入学する。
病気による休学や太平洋戦争激化にともなう学徒勤労動員を経て、45年3月同校を繰り上げ卒業。
同年4月京都市立美術専門学校(現、京都市立芸術大学)日本画科へ入学後、在学中の48年には第4回日本美術展覧会(日展)に日本画「畑のある丘」を出品、初入選する。

渡仏後、アンフォルメル運動（「不定形なるもの」との意味。1940年代半ばから1950年代にかけてフランスを中心としたヨーロッパでおこった美術運動）に参加。やがて、独自な抽象表現を目指し、円形や波紋などが連続する作品を発表。海外でも多くの個展を開いた。
ヨーロッパへ留学する55年まで、伯父の印象についてヨーロッパ旅行へ出かけた52年の第8回展を除いて毎年入選を果たし、51年には「蔦のある白い家」で、53年には「街」で特選を受賞している。

食事をとるように絵を描き、描かずにいられるような人間は真の芸術家ではないと語ったという堂本は、半世紀以上にわたる制作において、断絶を繰り返しながら次々と新しい表現に挑戦した前衛の画家であった。